かつて市川の海辺に広がっていた干潟は、過去の埋め立てや昭和４０年代の地盤沈下でその面積が大幅に減ってしまいました。

また、隣接する浦安の埋め立てによって地形が大幅に変化し、潮の流れが遮られたことで漁場環境が悪化、貝類の漁獲量は減少し、海苔養殖漁場も年々沖の方へ移動せざるを得なくなっています。

特に、猫実川河口周辺は潮の流れが悪いことから、繁茂した海藻のアオサなどの有機物がたい積しやすく、海底のたい積物がヘドロ状となっており、漁場としては利用できない環境になってしまっています。

また、過去の埋め立ての際に海底の砂が採取されてできたくぼ地（深掘部）などが発生源と見られる青潮により、三番瀬の生き物や漁業に大きな被害を与えています。

千葉県では、 三番瀬再生会議や漁業者、関係市、県議会、県民の意見を得て、平成１８年１２月に「千葉県三番瀬再生計画(基本計画）」を 、平成１９年２月に「千葉県三番瀬再生計画(事業計画）」を策定 しました。この計画には、千葉県が設置した「三番瀬漁場再生検討委員会」からの具体的な漁場再生に向けての事業提案が反映されています。これにより、県による海の再生と漁業環境の修復が進むことを期待しています。なお、「千葉県三番瀬再生計画」は、基本計画、事業計画、実施計画という構成になっています。
＊青潮  海の底層部に溜まった硫化水素を含む貧酸素状態の海水が表層に湧き上がり、水面付近が青白色や青緑色に変色する現象で、魚介類が大量にへい死する被害が生じる場合がある。